Identificación molecular de patógenos
¿Necesitas saber qué hay en tus muestras antes de tratar, rechazar un lote o liberar un envío? Puedo ayudarte con:
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Desarrollo de Protocolos de Detección por PCR y qPCR
Próximamente
Servicios complementarios (a pedido)
No es teoría: cuando no existía ninguno, desarrollé para los cacaoteros colombianos un método de qPCR confiable para cuantificar las esporas de la moniliasis en campo (Journal of Fungi, 2023).
Nota: todo servicio contratado incluye su reporte final, consolidando los resultados y los métodos de cada análisis, en el que obtendrás:
- Visualizaciones (PDF).
- Reporte consolidado (PDF).
Para más detalle ver Condiciones del servicio.
Identificación Taxonómica de Patógenos
Si ya tienes tus secuencias pero necesitas ayuda analizándolas, puedo ayudarte
con la asignación taxonómica de tu aislado.
Aportas:
- Secuencias Sanger de marcadores estándar: 16S rRNA (bacterias), ITS (hongos y oomicetos), TEF1-α (hongos), cox1 (oomicetos), o amplicón de RT-PCR específico de algún grupo de virus o viroides (.ab1 o FASTA).
Nota: La secuenciación no está incluida; las secuencias las genera tu laboratorio o uno aliado.
Recibes:
- Asignación taxonómica con porcentaje de identidad (TSV).
- Árbol filogenético, si aplica (Newick/imagen).
- Reporte consolidado (PDF).
Tiempo de entrega: se confirma en la cotización, tras revisar el caso.
Método y herramientas
- Control de calidad de cromatogramas, consenso forward/reverse y asignación
taxonómica —
sangeranalyseR;BLASTcontra bases curadas (UNITE para ITS en hongos; SILVA/NCBI para 16S en bacterias) - Virus y viroides: identidad contra RefSeq viral (NCBI Virus) e
interpretación según los criterios de demarcación del ICTV —
BLAST,SDT - Confirmación filogenética (opcional) —
MAFFT,IQ-TREE
Precio: desde 120 € por aislado; 90 € por aislado a partir de tres.
Servicios complementarios
Servicios que se prestan a pedido, como complemento de los anteriores.
Asesorías
Acompañamiento para decidir cómo diagnosticar: qué técnica conviene a tu caso,
qué marcador usar y cómo interpretar lo que ya obtuviste, cuando todavía no hace
falta contratar un análisis completo.
Al ser asesoría y no análisis, no llevan entregables de datos: el resultado es el criterio con el que tomas la decisión.
- Asesoría en diagnóstico molecular — qué técnica conviene a tu caso (PCR convencional, qPCR, RT-PCR, secuenciación Sanger), qué controles necesita y qué hace falta para montarla en tu laboratorio o en uno aliado.
- Asesoría en identificación molecular de patógenos de planta — qué marcador corresponde según el grupo (hongo, oomiceto, bacteria, virus o viroide), cómo y cuándo muestrear, y cómo leer un resultado de identidad que no resulta concluyente.
Precio: 90 €/h de videollamada. El caso se estudia antes, sin cargo, buscando llegar a la sesión con las recomendaciones ya preparadas.
Próximamente
- Desarrollo de Protocolos de Detección por PCR y qPCR
- Identificación Taxonómica a partir de Genomas
- Diseño Avanzado de Primers y Sondas TaqMan
¿Te interesa alguno? Escríbeme y lo hablamos.
Condiciones del servicio
- La parte experimental no está incluida: la secuenciación Sanger la ejecuta tu laboratorio o uno aliado, con acompañamiento del servicio.
- El cobro es por proyecto, te envío presupuesto formal en 48 horas.
- El tiempo de entrega lo indica cada servicio.
- Todo servicio incluye su reporte final: visualizaciones (PDF) y un reporte consolidado (PDF) con los resultados, los métodos, las herramientas y bases de datos usadas, y los parámetros del ensayo, para que el análisis sea reproducible.
- Los resultados son tuyos: los usas en tu laboratorio, los publicas o los conviertes en servicio propio sin restricción por mi parte, sin mencionarme.
- La transferencia de archivos se realiza por un canal seguro acordado — nunca por correo electrónico.