AgroÓmica

Ómicas: metabarcoding y limpieza de datos

¿Ya tienes las secuencias de tus muestras y quieres saber qué microorganismos las habitan? Si tu equipo no cuenta con quien haga el análisis, puedo ayudarte con:

Servicios complementarios (a pedido)

Los análisis que realizo ya se han aplicado en proyectos reales, caracterizando las comunidades fúngicas del aguacate ‘Hass’ (Phytobiomes Journal, 2023) y analizando la expresión diferencial en el chancro resinoso del pino (Plant Disease, 2025).

Nota: todo servicio contratado incluye su reporte final, consolidando los resultados y los métodos de cada análisis, en el que obtendrás:

Para más detalle ver Condiciones del servicio.

Metabarcoding: análisis de poblaciones microbianas

Metabarcoding por amplicón (ej. 16S rRNA para bacterias y arqueas, ITS para hongos).

Profundidad recomendada: Esta depende del tipo de muestra, por ejemplo, de 10.000 a 20.000 lecturas por muestra en muestras poco diversas como las presentes en una lesión en la planta; de 30.000 a 50.000 en muestras más complejas como la filosfera, la rizosfera; y de 50.000 a 100.000 en muestras de alta diversidad como son el suelo, el compost, o el agua. Considerar que, en caso de muestras con profundidades dispares, la comparación se hace al nivel de la muestra con menor profundidad (7, 8).

Metabarcoding completo

Aportas: lo mismo que en la inferencia de ASVs, más:

  • Metadatos del diseño experimental (TSV), con por lo menos 3 réplicas biológicas por condición.

Recibes: todo lo de la inferencia de ASVs, más:

  • Árbol filogenético, si aplica (Newick).
  • Índices de diversidad alfa por muestra: Shannon, Simpson y ASVs observados (TSV).
  • Significancia estadística entre grupos: Kruskal-Wallis y Wilcoxon (TSV).
  • Curvas de rarefacción (PDF).
  • Matrices de distancia: Bray-Curtis y Jaccard, más UniFrac weighted y unweighted cuando el marcador admite un árbol filogenético fiable (TSV).
  • Gráfico de ordenación PCoA (PDF).
  • Tabla de significancia PERMANOVA y tabla de dispersión intragrupo (betadisper), que se interpretan juntas (TSV).
  • Tabla de taxones diferenciales entre condiciones, con log fold-change y p-value ajustado (TSV), y sus gráficos (PDF).
  • Reporte consolidado único (PDF), con todo el análisis.
Método y herramientas del metabarcoding completo
  • Todos los pasos de la inferencia de ASVs, del control de calidad al perfil de composición taxonómica
  • Construcción de árbol filogenético, solo si el marcador lo permite — MAFFT, FastTree
  • Estimación de índices de diversidad alfa con pruebas de significancia: Shannon, Simpson y ASVs observados, con Kruskal-Wallis y Wilcoxon
  • Construcción de curvas de rarefacción
  • Estimación de índices de diversidad beta con pruebas de significancia: matrices de distancia*, ordenación PCoA, PERMANOVA y prueba de homogeneidad de dispersión (betadisper)
  • Análisis de abundancia diferencial — ANCOM-BC

* Las métricas de diversidad filogenética (UniFrac) y las curvas de rarefacción basadas en el árbol requieren un árbol fiable, y eso depende del marcador. En 16S el gen es alineable entre taxones distantes y el árbol es informativo. En ITS no lo es: la región es hipervariable y no se alinea de forma fiable entre hongos lejanos, así que en esos estudios la diversidad beta se estima con Bray-Curtis y Jaccard, sin UniFrac.

Precio: desde 750 € hasta 24 muestras, más 30 € por muestra adicional.

Volver al Inicio

Inferencia de ASVs, asignación taxonómica y tablas de conteo

Aportas:

  • Secuencias crudas: el preprocesamiento va incluido (FASTQ).
  • Secuencias de los primers usados.
  • Controles negativos secuenciados: blancos de extracción y PCR, para el control de contaminación cruzada.
  • Qué organismo buscas y de qué matriz salió la muestra, incluido el hospedero si es tejido o rizosfera de una planta.

Recibes:

  • Tablas de conteo curadas, normalizadas y sin normalizar, con los ASV de cada muestra y sus abundancias (TSV).
  • Tabla de conteo cruda, sin curar, como material de trazabilidad (TSV).
  • Tablas de asignación taxonómica (TSV).
  • Reporte de las lecturas no objetivo eliminadas en cada muestra, cuando el estudio lo requiere (TSV).
  • Listado de secuencias representativas (FASTA).
  • Gráfico de composición taxonómica por muestra, con la fracción sin asignar visible (PDF), y su tabla de porcentajes (TSV).
  • Reporte consolidado (PDF).
Método y herramientas de la inferencia de ASVs
  • Control de calidad de las secuencias — FastQC / MultiQC
  • Remoción de primers — cutadapt
  • Filtrado y trimming por calidad — DADA2 (filterAndTrim)
  • Inferencia de ASVs (denoising) y construcción de tablas de conteos con abundancias — DADA2
  • Asignación taxonómica contra bases curadas: UNITE para ITS en hongos, SILVA para 16S en bacterias y arqueas
  • Curación de tablas de conteo, incluido el control de contaminación cruzada contra los controles negativos — decontam
  • Remoción de secuencias no relevantes para la comunidad estudiada —el hospedero en muestras vegetales, cloroplasto y mitocondria en 16S— en función de la asignación taxonómica, lo cual se define para cada estudio
  • Normalización de la profundidad de secuenciación de la tabla curada por rarefacción — phyloseq (rarefy_even_depth). La profundidad se define para cada estudio
  • Perfil de composición taxonómica — gráfico de barras apiladas de abundancia relativa por muestra, para el nivel taxonómico más apropiado según el estudio

Precio: desde 450 € hasta 24 muestras, más 30 € por muestra adicional, si se contrata por separado.

Volver al Inicio

Metabarcoding completo: desde 750 € hasta 24 muestras, más 30 € por muestra adicional.

Servicios complementarios

Servicios adicionales que pueden pedirse de manera independiente o como complemento de los anteriores. Algunos van además incluidos en los servicios del portafolio; cada uno dice a continuación cuándo.

Preprocesamiento de datos

Control de calidad y limpieza de las secuencias crudas. Va incluido en todo servicio que parta de secuencias crudas, y también se contrata por separado si solo necesitas los datos listos para analizar.

Aportas:

  • Secuencias crudas del secuenciador, sin procesar (FASTQ).

Recibes:

  • Secuencias limpias (FASTQ).
  • Estadísticas del proceso (TSV/reporte).
  • Visualizaciones (PDF).
  • Reporte consolidado (PDF).

Las herramientas dependen de la plataforma de secuenciación y del análisis al que van destinadas las secuencias: el detalle está en el método de cada servicio.

Precio: desde 180 € hasta 12 muestras, más 12 € por muestra adicional.

Volver al Inicio

Asesorías

Acompañamiento para cuando aún no has secuenciado o necesitas validar lo que ya obtuviste. Al ser asesoría y no análisis, no llevan entregables de datos: el resultado es el criterio con el que tomas la decisión.

  • Asesoría en diseño experimental para la obtención de datos de secuenciación — plataforma, profundidad de secuenciación, réplicas y controles, antes de secuenciar.
  • Asesoría para la validación experimental de los resultados obtenidos a partir de los análisis de secuenciación (ej. confirmación de genes diferencialmente expresados por qPCR).

Precio: 90 €/h de videollamada. El caso se estudia antes, sin cargo, buscando llegar a la sesión con las recomendaciones ya preparadas.

Volver al Inicio

Próximamente

¿Te interesa alguno? Escríbeme y lo hablamos.

Condiciones del servicio

Volver al Inicio

Contacto

Escríbeme para plantear tu consulta o proyecto.